1、損害網站運營者的利益
開通網站要備案，備案使得網站運營者需要付出巨大的成本，包括時間成本，金錢成本，人力成本等，備案要花一個多月甚至幾個月的時間，而且備案期間網站無法打開，這在在現今社會高速發展的時代來說，時間就是生命，效率低下、周期漫長、復雜繁的網站備案制度就是在屠殺生命。
2、損害國內IDC服務提供商利益
網站服務器設在國外，損害國內公司的利益，中國網站備案制度卻養肥了大量國外IDC公司。這就好像政府通過行政手段限制國人購買國產商品，迫使國人購買價格更高、服務更差的國外商品的道理是一樣的。
3、阻礙國內IDC公司之間的競爭
網站開通需要備案，而網站主機由一家IDC公司轉移到另一家IDC公司(換服務器),也要進行備案(備案接入，流程復雜繁瑣程度跟重新備案一樣)，而網站備案需要大量時間，甚至三四個月時間，這使得網站運營者不愿意更換網站主機提供商，不愿意更換IDC公司，使得國內IDC行業沒有得到充分的競爭發展。
4、國外主機訪問速度有限，容易造成用戶不良體驗
國外主機網站的訪問速度不及國內主機網站，而在備案制度下大量網站主機設在國外，使得這些網站在國內的訪問速度不高，從而影響到中國的網站的整體水平，影響中國信息化。
5、服務器設在國外，威脅國家安全
大量網站服務器設在國外，使外國政府容易獲得網站服務器中的文件資料信息，在美國凌鏡門事件曝光的背景下，可以想像，如果服務器設在美國，網站的所有信息都會被美國政府和間諜所竊取，一些企業機密信息甚至是政府國家機密信息、軍事信息可以被泄露，威脅中國國家安全。
6、造成中國政府監管困難
網站服務器設在國內，中國政府可以監管到，如果網站是違法犯罪的網站，中國政府可以很容易的找到關閉，并找到網站運營者，但如果網站服務器設在國外，中國政府幾乎不可以進行任何監管，哪怕中國政府與國外政府簽有相關協議，監管、關閉網站、甚至追查網站運營者都是非常困難的。
7、損害中國國家形象
世界200多個國家和地區，僅中國有網站備案制度，這個可能被國外勢力做文章，造成中國網絡審查、中國言論自由等問題的不良影響，影響到中國的國際形象，損害中國國家利益。
PS，工信部要求網站要將備案號放于首頁下方，并鏈接到工信部的網站，以供查詢，但是那個工信部的查詢網站，做得很狗屎，連我這個對備案還算比較了解的人查詢起來都很困難，更何況那些不懂備案不懂技術的普通人了。這邊我建議鏈接 過去直接顯示查詢結果，跟那些網站認證一樣。
8、寫在最后：
中國網站備案制度，禍國殃民。我國現行備案制度無法阻止違法網站，但不實行備案制度也可以整治違法網站。
對備案制度的建議：
1、取消備案制度，采用主機采取實名制
取消備案制度，然后對網站主機實行實名制，即，如果想要在這個公司的主機開通網站，需要在這個公司進行實名制驗證，如果提供個人身份證、企業營業執照等，通過后，可以在該公司開通任何網站，如果網站出現違法內容，可以根據實名制的信息對網站負責人進行法律制裁、追責。
2、優化備案流程，讓需要備案企業節省時間
全國統一備案流程手續，簡化備案資料，減少備案時間，并且備案過的網站可以任意在國內服務器主機自由轉移，無需進行備案接入重新備案。

知識補充： 百度百科“網站備案”